基于全基因组重测序的白化茶树mSNP标记开发及验证

作者：刘浩然; 张晨禹; 龚洋; 叶圆圆; 陈杰丹; 陈亮; 刘丁丁^*; 马春雷^*

来源：茶叶科学, 2023, 43(01): 27-39.

DOI：10.13305/j.cnki.jts.2023.01.003

• 茶树
• mSNP分子标记
• 靶向测序基因型检测
• 遗传多样性
• 全基因组重测序

为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性，利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明，基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类，且基本呈现出具有亲缘关系或地理位置接近的资源聚在一起的趋势；对重测序数据进行功能注释后发现，在18份白化茶树资源中存在17 056个共有非同义突变基因，其中14个叶绿素合成相关基因中存在98个错义突变位点。随后，基于前期获得的基因组变异信息开发了一套包含59个mSNP、222个SNP位点的液相芯片，利用该液相芯片检测13份茶树资源的基因型信息。结果表明，同一品种两两之间的遗传相似度在92%～98%，不同品种间的遗传相似度则在84%以下，表明该芯片可对18份白化茶树资源进行准确鉴别，研究结果可为mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定、分子标记辅助育种等方面的应用奠定基础。

• 单位
  中国农业科学院茶叶研究所; 中国农业科学院研究生院