陆地棉自然群体纤维强度性状的全基因组关联分析

作者：贾冰; 马建江; 宋吉坤; 裴文锋; 吴嫚; 臧新山; 张金发; 陈全家^*; 于霁雯^*

来源：中国棉花, 2021, 48(04): 13-28.

• 陆地棉
• 纤维强度
• 全基因组关联分析
• 候选基因

纤维强度是衡量棉花纤维品质的重要指标之一。了解棉纤维强度形成的遗传基础对棉花纤维品质的遗传改良具有重要的指导意义。本研究利用83份纤维强度差异显著的陆地棉材料,采用广义线性模型(General linear model, GLM),对5个环境的纤维强度及最佳线性无偏估计值(Best linear unbiased prediction,BLUP)进行全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)。结果表明,各环境纤维强度基本符合正态分布,且存在丰富的变异,变异系数为5.55%～8.44%,广义遗传力达到88.67%。GWAS共检测到19个稳定的显著关联SNP位点,分布在A01、A06、D05、D08、D10、D11和D13等7条染色体上,合并为9个数量性状位点(Quantitative trait locus, QTL)区间,其中4个QTL区间与前人定位的QTL区间重叠,其它5个QTL区间是本研究新发现的控制纤维强度性状的稳定位点。根据区间内基因的表达模式及功能注释,共筛选出4个可能与纤维强度相关的候选基因。本研究通过对棉花纤维强度进行全基因组关联分析,为棉花纤维品质性状的分子遗传改良奠定了基础。

• 单位
  棉花生物学国家重点实验室; 中国农业科学院棉花研究所; 新疆农业大学