急性心肌梗死不同类型标本的共同差异基因

作者：傅庆华; 彭飞; 范文娟^*; 唐毅; 刘征宇; 郑昭芬; 颜素兰; 潘宏伟

来源：中国老年学杂志, 2021, 41(01): 4-12.

• 急性心肌梗死
• 差异基因
• GO富集
• KEGG通路分析
• 蛋白互作网络

目的鉴定急性心肌梗死(AMI)不同标本中的共同差异基因,研究与AMI进展相关的基因。方法搜索人类基因表达谱汇编数据库(GEO)中与AMI相关的数据集,提取出分别取自循环内皮细胞和血液的两张芯片GSE66360和GSE97320,然后利用R语言软件中"limma"包识别差异基因,做韦恩图(Venn)找出共同差异基因,用"pheatmap"包对差异基因进行聚类分析,对筛选出的共同差异基因用DAVID、Cytoscape作基因本体数据库(GO)富集、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,用STRING蛋白互作网络分析,用Real-time PCR验证基因表达微阵列的结果。结果 (1)GSE66360共筛出差异基因349个,其中上调56个,下调293个,具有统计学意义[P<0.05,倍数变化值(Fold Change)>2],GSE97320共筛出差异基因2 425个,上调1 027个,下调1 398个。(2)使用STRING、DAVID、Cytoscape软件成功构建蛋白互作网络图及进行GO、KEGG分析。(3)与正常对照组比较,AMI患者造血细胞激酶(HCK)、整联蛋白αM(ITGAM)基因表达上调。结论筛选出共同差异基因159个,并进行功能注释及通路分析,值得进一步探索其在AMI病程中作为生物标志物的潜力。

• 单位
  湖南省人民医院; 湖南师范大学