摘要
现生的大熊猫包含两个亚种——四川亚种和秦岭亚种.本研究利用第三代基因组测序技术在染色体层次上组装了迄今为止最为完整的大熊猫两个亚种的基因组,且秦岭亚种的基因组为首次组装.通过对25只大熊猫的高深度测序和分化时间的估算,发现大熊猫四川亚种和秦岭亚种之间的分化时间在距今约1.0到1.2万年前.进一步的比较基因组分析发现,大熊猫基因组上DACH2基因调控元件的特异性丢失以及SYT6基因的特异性位点突变是大熊猫较其他哺乳动物的繁殖率低的重要原因之一,而四川亚种IQCD基因正选择进化的结果则是四川亚种比秦岭亚种具有较高繁殖率的主要原因之一.最后,本研究发现大熊猫Hippo通路上诸基因的快速进化和一些基因调控元件上的特异性突变位点,可能是导致大熊猫具有较小的内脏器官以应对食性改变和减少能量代谢的适应性进化结果.
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