染色体水平的大熊猫基因组揭示其亚种分化及进化特征（英文）

作者：光宣敏; 兰天明; 万秋红; 黄炎; 李洪; 张明春; 李仁贵; 张志忠; 雷颖虎; 张玲; 张和民; ***; 李晓平; 李海盟; 徐妍; 乔麦菊; 吴代福; 唐刻意; 赵鹏鹏; 林剑青; Sunil Kumar Sahu; 梁齐齐; 江文凯; 张丹辉; 徐讯; 刘心; Michael Li**y; 杨焕明; Karsten Kristiansen; 刘欢^*; 方盛国^*

来源：Science Bulletin, 2022, 66(19): 2002-2013.

• Giant panda
• Chromosome-level genome
• Divergence time
• Reduced fertility
• Inner organ size

现生的大熊猫包含两个亚种——四川亚种和秦岭亚种.本研究利用第三代基因组测序技术在染色体层次上组装了迄今为止最为完整的大熊猫两个亚种的基因组,且秦岭亚种的基因组为首次组装.通过对25只大熊猫的高深度测序和分化时间的估算,发现大熊猫四川亚种和秦岭亚种之间的分化时间在距今约1.0到1.2万年前.进一步的比较基因组分析发现,大熊猫基因组上DACH2基因调控元件的特异性丢失以及SYT6基因的特异性位点突变是大熊猫较其他哺乳动物的繁殖率低的重要原因之一,而四川亚种IQCD基因正选择进化的结果则是四川亚种比秦岭亚种具有较高繁殖率的主要原因之一.最后,本研究发现大熊猫Hippo通路上诸基因的快速进化和一些基因调控元件上的特异性突变位点,可能是导致大熊猫具有较小的内脏器官以应对食性改变和减少能量代谢的适应性进化结果.

• 单位
  浙江大学; 深圳华大生命科学研究院