我国农民专业合作经济组织的治理机制创新,是促进其健康快速发展的组织制度建设的重要方面。从合作组织内的非正式制度存在状况出发,正确认识非正式制度中信任与权威在合作组织中的重要作用,对农民专业合作经济组织的治理机制创新具有重要意义。将法人治理与以关系治理为基础的农民合作自治相结合,是农民专业合作经济组织治理机制创新的一个可行方向。