华蟹甲的简化基因组测序及SSR引物开发

作者：兰进茂; 覃瑞; 夏婧^*

来源：中南民族大学学报(自然科学版), 2021, 40(03): 258-263.

• 华蟹甲
• 简化基因组测序
• SSR分子标记

中国特有的菊科植物华蟹甲是潜在的抗肿瘤、抗氧化、抗菌等特效药物资源,同时也是具有潜在入侵性的一种大型草本植物.通过简化基因组测序的方法,对华蟹甲的SSR信息进行全面的分析,并据此开发其SSR分子标记.结果表明:华蟹甲简化基因组SSR位点数量和类型丰富,共得到双端含有100 bp六种类型的SSR(一至六核苷酸)的SSR位点46674个,其中包含均有引物片段的SSR数目为43235,片段引物设计率为92%.单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复类型的数量较多,占主导地位.在321种重复单元中,最常见的是单核苷酸重复(A/T)10.利用已合成的200对引物对16个华蟹甲样品进行荧光SSR扩增,共筛选出20对特异性和多态性较高的引物.本研究通过华蟹甲简化基因组测序进行SSR引物开发,为华蟹甲遗传结构、图谱构建、标记辅助育种以及物种管理等方面提供依据并奠定了基础.

• 单位
  中南民族大学; 生命科学学院