目的:分析在胎儿畸形诊断中应用Ⅲ级系统胎儿产前超声筛查的临床效果。方法:选取2018年3月至2019年2月进入本院接受产前检查的孕妇共1080例作为研究对象,实验组孕妇接受Ⅲ级系统胎儿产前超声筛查,对照组孕妇接受Ⅱ级系统胎儿产前超声筛查。结果:对胎儿畸形筛查情况进行比较分析发现,与病理结果相比,实验组诊断准确率显著高于对照组(P<0.05)。结论:与Ⅱ级系统胎儿产前超声筛查相比,在胎儿畸形诊断中应用Ⅲ级系统胎儿产前超声筛查的临床效果更显著,胎儿诊断准确率显著上升,值得临床推广。