马铃薯‘合作88’自交分离群体叶绿体基因组遗传组成分析

作者：王荣艳; 李清; 徐灵; 王秋洁; 宋昱; 母昌冉; 唐唯^*; 郝大海^*

来源：园艺学报, 2023, 50(08): 1649-1663.

DOI：10.16420/j.issn.0513-353x.2022-0721

• 马铃薯
• 自交分离群体
• 叶绿体基因组
• 重复序列
• 密码子偏好性

为了从基因组水平解析马铃薯品种‘合作88’(Solanum tuberosum‘Cooperation 88’)叶绿体基因组多态性和遗传多样性，了解其自交分离群体叶绿体基因组遗传组成和变异，通过对‘合作88’及其30个自交分离群体材料的叶绿体基因组测序组装，并与其他11个茄科物种、拟南芥和水稻的叶绿体基因组序列进行比较分析。结果表明，‘合作88’叶绿体基因组为典型环状结构，长度为160 323 bp,GC含量为38.6%，共注释29个tRNA基因和77个蛋白质编码基因。30个自交后代叶绿体基因组大小在160 331～162 120 bp之间，注释预测基因数95～106个，GC含量36.7%～38.6%。进一步分析表明，‘合作88’和其30个自交后代叶绿体类型均为W型，未呈现出多态性。‘合作88’和其自交后代均偏好使用以A/U结尾的密码子，子代叶绿体基因组密码子4种碱基使用频率不同，推断其相对同义密码子使用度、有效密码子数和高频密码子数的差异为叶绿体基因组随机突变和翻译自然选择所导致。此外，16个正向重复序列中有12个存在于‘合作88’及所有自交后代中，另有4个为子代中新出现的。UPGMA聚类分析和共线性分析发现重复序列的出现和基因丢失使得自交后代叶绿体基因组遗传多样性增加。

• 单位
  生命科学学院; 云南师范大学