柯萨奇病毒A组2型分离毒株序列及遗传进化分析

作者：姚学君; 张雪峰; 姜仁杰; 管书慧; 刘秀兰; 沈进进^*

来源：江苏预防医学, 2019, 30(02): 153-155.

DOI：10.13668/j.issn.1006-9070.2019.02.013

• 柯萨奇病毒A组2型
• 遗传进化
• 选择压力
• 氨基酸置换熵值

目的研究柯萨奇病毒A组2型(CVA2)分离株基因特征和遗传进化规律。方法利用分子信息学软件对GenBank核苷酸数据库收录CVA2分离株进行全长VP1区基因序列分析,构建系统进化树,测算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性,计算核苷酸分子进化速率。采用Datamonkey在线软件预测正向选择位点,用Bioedit软件计算氨基酸置换熵值。结果共纳入CVA2分离株108株,主要为基因型D分离株;与原型株Fleetwood相比,各基因型分离株核苷酸和氨基酸同源性为79.3%～83.0%和94.6%～97.3%;基因型D分离株核苷酸进化速率为4×10-3位点/年;选用SLAC模型发现1个正向选择位点,氨基酸置换熵值分析合计6个熵值大于0.6的位点。结论 CVA2分离株VP1区未出现明显的基因变异,与原型株亲缘性关系较远,需加强对CVA2分离毒株的实验室和分子流行特征监测。

• 单位
  江苏省疾病预防控制中心