政府垂直管理部门地方化是权力扭曲与异化,必须治理。其成因主要有四方面:不合理的政府间关系是问题产生的体制性原因,垂直管理部门对地方和地方党政机关的客观需求埋下其地方化诱因,地方党政机关的主动影响与干预加剧垂直管理部门地方化,人际与人情因素助长垂直管理部门地方化。治理垂直管理部门地方化,应理性推进垂直管理制度改革,推动政府间关系合理化和法制化,继续强化垂直管理部门在人、财、物等方面的独立性,强化对垂直管理部门工作人员的教育与管理,强化监督并加大信息公开力度,加强对垂直管理部门的立法规范。