甜瓜ADF7基因的克隆与生物信息学分析

作者：吕艳玲; 何明^*; 张家旺; 张丽丽; 刘石磊; 闫**; 汪澈^*

来源：沈阳农业大学学报, 2020, 51(04): 417-424.

• 肌动蛋白解聚因子
• CmADF7
• 甜瓜
• 克隆
• 生物信息学分析

肌动蛋白解聚因子(actin-depolymerizing factors, ADFs)通过剪切和解聚微丝来调控微丝组织和动态,被认为是肌动蛋白变化的重要调控因子。通过RT-PCR方法扩增得到甜瓜ADF7(CmADF7)基因序列,进行生物信息学分析和组织表达分析。结果表明CmADF7基因的开放阅读框(ORF)为414 bp,编码137个氨基酸,蛋白质理论分子量15.82102 kD,等电点5.32。生物信息学预测该蛋白是不具有跨膜结构的疏水性蛋白,亚细胞定位于细胞质中。基因结构分析显示CmADF7包含3个外显子,2个内含子,其中第1位外显子仅包含起始密码子ATG。结构域分析表明CmADF7具有高度保守的ADF-H结构域,其氨基酸序列为12～137位。同源性与系统进化分析证明CmADF7与同属葫芦科的西瓜的同源ADF亲缘关系较近。利用qRT-PCR分析发现CmADF7基因主要在花中表达,其他组织中检测虽有表达,但表达量都很低。序列分析表明,CmADF7启动子上存在一些参与光响应、胁迫应答及激素调节等相关顺式作用元件。新的甜瓜ADF蛋白结构和组织表达研究,将为进一步探索CmADF7蛋白功能和发掘其他CmADFs奠定基础。

• 单位
  沈阳农业大学; 辽宁省农业科学院