基于GBS简化基因组技术的我国家养雉鸡系统发育分析

作者：陈芳; 吴琼^*; 涂健峰; 覃健峰; 郑德滨; 向仕玺; 高荣

来源：中国家禽, 2023, 45(02): 15-19.

DOI：10.16372/j.issn.1004-6364.2023.02.003

• 雉鸡
• GBS
• SNP
• 遗传多样性
• 系统发育

为分析我国家养雉鸡遗传背景和起源进化关系，采用高通量简化基因组测序方法对我国家养6个雉鸡群体(美国七彩雉鸡、蒙古雉鸡、黑化雉鸡、白羽雉鸡、绿雉鸡、申鸿七彩雉)的分类起源关系进行分析。结果表明：获得雉鸡Clean base数据分别为330.44×106Gb,340.64×106Gb,348.50×106Gb,291.67×106Gb,286.44×106Gb和324.98×106Gb,Q20≥92%、Q30≥85%,GC分布正常，共挖掘到50 078个有效SNP位点。通过系统进化树、主成分和群体遗传结构分析，6个雉鸡种群可分为两大类，申鸿七彩雉、黑化雉鸡、白羽雉鸡、绿雉鸡和美国七彩雉鸡为一类，蒙古雉鸡单独为一类。研究揭示家养雉鸡种群在长期的养殖过程中存在基因交流。

• 单位
  龙岩学院; 中国农业科学院特产研究所; 生命科学学院