基于生物信息学分析m6A相关lncRNA与胶质母细胞瘤患者预后的关系

作者：孙卓伦; 吴旻^*; 高恒; 王其平

来源：山东医药, 2023, 63(16): 31-35.

• 胶质母细胞瘤
• 6-甲基腺嘌呤
• 长链非编码RNA
• 预后模型

目的 探讨6-甲基腺嘌呤（m6A）相关长链非编码RNA(lncRNA)与胶质母细胞瘤（GBM）预后的关系。方法从癌症基因组图谱数据库及基因型-组织表达公共数据库分别下载160例GBM组织和90例正常脑组织的转录组数据及临床数据，进行生物信息学分析。采用Pearson相关分析和单因素Cox回归分析筛选GBM预后相关的m6A相关lncRNA，使用R语言分析GBM组织和正常脑组织中差异表达的m6A相关lncRNA，利用LASSO分析进一步筛选关键lncRNA构建预后模型，受试者工作特征曲线分析模型对GBM预后的预测效能，用实时定量聚合酶链反应验证GBM样本中m6A相关lncRNA表达。将160例GBM患者按1∶1随机分为训练队列和测试队列，根据预后模型计算风险评分，按中位风险评分将两个队列患者分别分为高风险组和低风险组；对训练队列高、低风险患者的转录表达谱进行基因富集分析；分析预后模型与干细胞相似性指数、GBM分子亚型的相关性。结果 共确定了10个关键lncRNA(AC073332.1、AC092171.2、DLEU1、AC126407.1、AC093388.1、AC124248.1、AC078883.1、AC008537.2、AC131235.2、SOX21-AS1)用于构建预后预测模型。训练队列高风险组总生存期低于低风险组（HR=5.64,95%CI:2.31～10.63,P<0.01），测试队列高风险组总生存期低于低风险组（HR=5.89,95%CI:2.67～12.34,P<0.01）。训练队列预后模型预测患者1、2、3年累积生存率的曲线下面积分别为0.767、0.832、0.837，测试队列预后模型预测患者1、2、3年累积生存率的曲线下面积分别为0.660、0.647、0.800。多因素Cox回归分析证明风险评分是GBM预后的独立因素（训练队列：HR=10.222,95%CI:4.141～25.237,P<0.01；测试队列：HR=8.277,95%CI:2.349～29.173,P<0.05）。富集分析结果显示，趋化因子信号通路、补体和凝血通路及细胞因子-细胞因子受体相互作用通路在高风险组中显著富集，而细胞周期通路在低风险组中显著富集。风险评分与干细胞相似性指数呈正相关（r=0.642,P<0.01）。低风险组前神经元型、IDH1突变表型高于高风险组（P均<0.05），高风险组间质型、IDH1野生型亚型高于低风险组（P均<0.05）。结论 基于m6A相关lncRNA构建的预后模型可准确预测GBM预后，预后预测模型的危险因子评分与干细胞相似性指数及GBM分子亚型有关。

• 单位
  江阴市人民医院; 徐州医科大学