云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA基因的序列分析及种系发育

作者：陈木新; 陈家旭; 柳伟; 冯欣宇; 陈绅波; 陈韶红; 蔡玉春; 徐斌; 胡薇

来源：中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2016, 34(06): 493-499.

• 疟原虫
• 18S rDNA基因
• 序列分析
• 种系发育

目的分析我国云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA的基因差异和种系发育。方法 2000-2015年收集来自我国云南中缅边境等地的疟疾患者血样(或疟原虫DNA),提取血样中的疟原虫DNA,对它们的18S rDNA基因进行扩增、测序分析,并与Gen Bank中疟原虫相应序列进行比较分析,利用邻接法(neighbor joining,NJ)、最大似然法(maximum likelihood,ML)和最大简约法(maximum parsimony,MP)构建系统进化树。结果共收集了94例疟疾患者血样或DNA,所有样品均扩增出18S rDNA基因序列。序列比对分析显示,恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)、间日疟原虫(P.vivax)、三日疟原虫(P.malariae)、卵形疟原虫(P.ovale)和诺氏疟原虫(P.knowlesi)的种内差异分别为00.2%、00.1%、00.1%、00.1%和0。种系发育关系分析显示,NJ、MP和ML法构建的系统进化树的拓扑结构基本一致。本研究的疟原虫形成5个大的分支:恶性疟原虫形成一个分支,与Gen Bank中来自喀麦隆(KC428741、KC428742)、巴西(KC906718)和马来西亚(HQ283221)的分离株聚集在一起;间日疟原虫形成一个分支,其中大部分样品与来自喀麦隆(HF945443)、印度(HM014361、JQ627158)和哥伦比亚(U83877)的分离株形成一较小分支,小部分样本(Pv11、Pv18和Pv21)形成一个更小的分支后与食蟹猴疟原虫(P.cynomolgi)(L07559)相聚形成一较小分支;三日疟原虫形成一个分支,来自云南的三日疟原虫Pm1、Pm3和Pm4聚在一个小分支内,并与来自日本的分离株(AB250682)相聚,再与来自海南的分离株Pm5相聚,显示出地区差异性;卵形疟原虫形成一个分支,与来自越南的分离株(EU935736、AF387038)聚在一起;诺氏疟原虫形成一个分支,与来自缅甸的分离株(GU816250、GU816246)聚在一起。结论我国云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA基因均无明显种内差异;种系发育关系分析显示,NJ、MP和ML法构建的系统进化树的拓扑结构基本一致。

• 单位
  中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所; 科技部国家级热带病国际联合研究中心; 卫生部寄生虫病原与媒介生物学重点实验室; 生命科学学院; 复旦大学