成纤维细胞增殖通路相关9个基因可以预测糖尿病足的发生

作者：马睿瑶; 储金林; 李念东; 李琳琳^*

来源：新疆医科大学学报, 2022, 45(10): 1091-1098.

• 糖尿病足
• 糖尿病
• 5-羟甲基胞嘧啶
• 游离DNA
• 成纤维细胞增殖

目的 基于血浆游离DNA(cfDNA)探究成纤维细胞增殖通路相关的5-羟甲基胞嘧啶修饰基因对糖尿病足(Diabetic foot ulcer, DFU)和糖尿病(Diabetic mellitus, DM)患者的区分。方法 收集2021年1-12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者血浆6例和DM患者血浆14例，提取cfDNA,使用5hmC-Seal技术建立文库后，依托Illumina高通量测序平台进行测序，筛选差异羟甲基化修饰基因(DhMGs)。采用GSVA富集分析方法对DhMGs富集分析，使用STRING数据库和Cytoscape3.9.0对GSVA富集中|log2FoldChange|变化最大的成纤维细胞增殖通路中的18个DhMGs进行分析，使用STRING数据库和Cytoscape3.9.0得到9个关键枢纽基因(Hub基因),最后使用Hub基因通过岭回归建模区分DFU组和DM组，并使用RNA-seq数据验证。结果 分析得出DFU组与DM组DhMGs共有5 748个，通过GSVA富集中|log2FoldChange|变化最大的成纤维细胞增殖通路中的18个DhMGs进行分析，使用STRING数据库和Cytoscape3.9.0得到9个Hub基因，使用岭回归建模得到AUC为1.000,使用RNA-seq数据对9个基因建模的AUC为0.962。结论 本研究基于5hmC-Seal技术探究DFU和DM患者血浆cfDNA中5hmC变化，在5hmC的水平发现成纤维细胞增殖通路的重要性，通路中的9个基因能够预测糖尿病足患者。

• 单位
  新疆医科大学