党委领导下的校长负责制在我国高等教育长期实践和发展过程中不断完善和总结出的宝贵经验,也是完善高校治理体系、提高治理能力的关键内容。然而在落实过程中,地方市属高校在制度建设、干部管理、基层治理、资源政策方面不同程度地存在各种问题。应从党委和行政、集体和个人、权力和监督、守正和创新、治理和文化五对关系入手,解决存在的问题。