肥肝用骡鸭肝脏组织的转录组特征分析

作者：王朝阳; 蓝立明; 白丁平; 张福君; 郑永干; 李昂^*

来源：黑龙江畜牧兽医, 2020, (01): 58-62.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2019.03.0043

• RNA-Seq
• 骡鸭
• 肥肝
• 单核苷酸多态性
• 插入缺失标记
• 功能注释
• 通路分析

为了对肥肝用骡鸭肝脏组织RNA-Seq数据特征进行分析,试验利用Trinity等软件和Samtools等工具对肝脏组织转录组数据进行基因表达鉴定,并对表达的基因进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)、插入缺失标记(insertion-deletion,InDels)挖掘及功能分析。结果表明:在表达基因内可筛选出197 965个SNPs位点和93 990个InDels位点,这些基因涉及分子功能、生物学过程以及细胞组分三大类别的广泛生物学功能,SNPs所在基因除了富集在脂肪、能量代谢相关通路上,更多富集在免疫和内分泌等相关通路上。说明利用骡鸭肝脏组织转录组数据进行特征分析,筛选并探究表达基因的SNPs和InDels特征及相关基因的功能,可用于鸭肥肝生产相关基因的多态性检测、鸭肥肝形成机理等研究。

• 单位
  福建农林大学; 动物科学学院