猕猴桃DCL、RDR和AGO基因家族的鉴定与分析

作者：方远鹏; 李云洲; 赵志博; 樊荣; 龙友华

来源：西北农业学报, 2023, 32(09): 1394-1403.

• RNA干扰(RNAi)
• Argonaute(AGO)
• Dicer类蛋白(DCL)
• RNA依赖型RNA聚合酶(RDR)
• 病毒
• 猕猴桃

为研究猕猴桃RNAi抗病毒机制相关基因DCL、RDR和AGO。本研究采用blastp比对法和NPS@、SignalP-5.0及TMHMM 2.0等数据库对猕猴桃RNAi相关蛋白家族进行鉴定及其对应基础性质(如：亚细胞定位、二级结构等)的分析。结果在猕猴桃中共鉴定获得4个DCL、6个RDR和18个AGO基因，其中19个基因分布在13条染色体(即第3、6、9、12、13、16、17、18、19、23、26、27、29号染色体)上，另外9个基因未定位到染色体具体位置。 AcAGO1d、 AcAGO2a、 AcAGO2b、 AcAGO2d基因在19号染色体成簇存在。RDR基因和 AGO2/7基因包含的内含子较少，其他的AGO和DCL基因包含的内含子较为丰富。这些猕猴桃基因均与番茄更近缘，它们编码的蛋白质含有不同比例的二级结构类型，无规则卷曲占50%左右，其次是α-螺旋和β-折叠。本研究完善了猕猴桃DCL、RDR和AGO编码基因的鉴定，后分析其对应的基础性质，以期为猕猴桃抗病毒研究奠定基础。

• 单位
  贵州大学