基因芯片筛选原发性膀胱癌差异表达基因

作者：史轶良; 王烨金鹏; 王行环^*

来源：现代泌尿外科杂志, 2021, 26(03): 249-255.

• 原发性膀胱癌
• 生物信息学
• 基因芯片
• 差异基因

目的通过生物信息学分析方法对GSE13507的基因芯片进行分析,筛选膀胱癌相关的靶基因并进行验证。方法从GEO数据库中下载编号为GSE13507的基因芯片,10例正常膀胱黏膜样本,58例正常外观膀胱癌周围组织样本,165例原发膀胱癌样本,23例复发性非肌层浸润性膀胱肿瘤样本。使用R软件读取并处理数据,构建蛋白互作网络,最后验证分析。结果对样本数据进行差异分析显示,原发膀胱癌165例与正常外观膀胱癌周围组织的膀胱黏膜58例的差异表达基因共127个,其中膀胱癌周围组织上调基因123个,下调基因4个。通过蛋白互作网络筛选出6个核心基因MYL9、COL1A2、ACTG2、CDC20、ESM1、WDR72。在膀胱癌不同分期中6个核心基因表达均有差异,其中ESM1、MYL9、COLA2、ACTA2与预后生存相关。结论筛选出的核心基因可能对膀胱癌发生发展的分子机制研究有所帮助。

• 单位
  武汉大学中南医院