肝癌免疫浸润联合RNA结合蛋白和转录因子预后指标的构建分析

作者：王鹏辉; 冯国勋; 俞巍; 张洪义^*

来源：中华肝胆外科杂志, 2022, 28(09): 656-661.

• 癌, 肝细胞
• 预后生物标志物
• 免疫浸润
• RNA结合蛋白
• 转录因子

目的全面分析肝癌的RNA结合蛋白和转录因子基因表达及免疫浸润对肝癌预后的预测价值。方法在癌症基因组图谱(TCGA)(n=365)、基因表达综合数据库GSE54236(n=78)和GSE14520(n=221)中筛选RNA结合蛋白和转录因子的共同基因集, 单因素Cox回归分析进行初筛, 通过LASSO-Cox构建生存回归模型, 通过标准化得到整合RNA结合蛋白和转录因子的复合指数CIRT, 根据其中位数将肝癌患者分为CIRThigh组(n=182)和CIRTlow组(n=182), 并分析两组免疫浸润等差异。结果共筛选出37个预后相关的RNA结合蛋白和转录因子基因, 通过LASSO-Cox构建基于其中7个最相关基因的预后预测模型。CIRThigh组患者的M1型巨噬细胞(P=0.032)、M2型巨噬细胞(P=0.009)、静息肥大细胞(P<0.001)、活化自然杀伤细胞(P=0.007)和静息记忆CD4+ T细胞水平较低(P<0.001), 而CIRTlow组的静息树突状细胞(P=0.048)、M0型巨噬细胞(P<0.001)、中性粒细胞(P=0.049)、滤泡辅助性T细胞(P=0.004)和调节性T细胞(P=0.001)水平较低, 差异具有统计学意义。基因富集分析显示, CIRThigh组的TCGA和GSE14520在细胞周期、DNA修复过程中高度富集。在TCGA队列中, CIRTlow组的患者比CIRThigh组的患者总生存更优。对TCGA队列中5年随访数据进行分析, CIRT对于肝癌患者长期生存预后具有良好的预测价值(受试者工作特征曲线下面积0.71)。结论在肝癌中建立了基于RNA结合蛋白和转录因子表达谱以及免疫细胞浸润的新的预后指标, CIRT可以作为一个独立的预后预测指标。

• 单位
  首都医科大学附属北京天坛医院