西藏山溪鲵转录组组装与分析

作者：朱文文; 郁川; 熊建利; 黄勇^*

来源：渔业研究, 2023, 45(03): 213-221.

DOI：10.14012/j.cnki.fjsc.2023.03.001

• 西藏山溪鲵
• 转录组
• unigenes
• 基因注释

目前有关小鲵属物种的基因组信息和转录组序列报道尚少。本研究利用Illumina HiSeq高通量测序技术对西藏山溪鲵(Batrachuperus tibetanus)进行了转录组测序与数据分析，再经拼接和组装，最终获得了36 252条unigenes,序列的平均长度为937 bp, N50为1 549 bp。此外，对unigenes进行GC含量、长度分布和基因表达量等分析，结果显示测序数据质量较好。使用Swiss-prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO数据库注释西藏山溪鲵转录组unigenes,分别有16 465、18 749、13 983、10 607、15 704和14 242条unigenes获得注释。根据注释结果，共检测出17 472条CDS,鉴定出2 779个SSR标记和3 100个SNP位点。KEGG通路分析结果表明：获得注释的10 607条unigenes又被划分到257个代谢通路中，其中涉及信号转导通路的unigenes比例最大。本研究通过对西藏山溪鲵进行转录组测序，得到的大量转录本信息，为进一步了解西藏山溪鲵遗传多样性分析、分子标记开发、种群资源评价与保护和功能基因的克隆等研究提供了丰富的数据资源。

• 单位
  洛阳职业技术学院; 绵阳师范学院; 河南科技大学