深纹核桃WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析

作者：徐令文; 王毅; 王丽娟; 郝佳波; 张雨; 李贤忠; 陆斌

来源：分子植物育种, 2021, 1-17.

• 深纹核桃
• 基因组
• WRKY转录因子
• 生物信息学表达分析

WRKY是一类存在于植物中的转录因子，参与激素调节通路，与植物生长发育有关。基于深纹核桃转录组测序数据，本研究利用NCBI在线工具筛选蛋白结构域，获得深纹核桃WRKY转录因子基因序列。通过生物信息学方法进行分析，结果表明，共发掘88个JsWRKY转录因子，根据结构域数目和锌指结构可以分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类型，氨基酸大小为104～981 aa，平均分子质量为45 503.23，平均理论等电点（pI）值为7.334 5，其中88个转录因子脂肪系数（Aliphatic index）均小于100，均不具有信号肽和跨膜结构；87个WRKY转录因子为不稳定蛋白，除了JsWRKY7定位于细胞核和细胞质，其余87个JsWRKY转录因子均定位于细胞核。转录组测序分析显示JsWRKY转录因子在6年生的Juglans sigillata cv. Xixiang嫁接树进行环剥与不进行无环剥、结果的老树3种条件下，除了3个基因（JsWRKY19， JsWRKY75， JsWRKY84）不表达，其余基因在茎、叶中的表达均有变化，其中JsWRKY42、JsWRKY18、JsWRKY55、JsWRKY34、JsWRKY88、JsWRKY59、JsWRKY43、JsWRKY78基因只在结果的老树叶片中高表达；JsWRKY32、JsWRKY47、JsWRKY67、JsWRKY51、JsWRKY61、JsWRKY79、JsWRKY9、JsWRKY63、JsWRKY73、JsWRKY44、JsWRKY33、JsWRKY7、JsWRKY68、JsWRKY45仅于无环剥处理的茎中高表达；JsWRKY27、JsWRKY77、JsWRKY86、JsWRKY80只在环剥处理的茎中高表达；JsWRKY20、JsWRKY21、JsWRKY58只在老树的茎、叶中表达；JsWRKY46、JsWRKY65、JsWRKY56只在有环剥、无环剥处理下茎、叶中表达。本研究结果为进一步挖掘JsWRKY转录因子功能及其分子生物学研究奠定了基础，同时为进一步研究其他植物WRKY转录因子的家族特征提供理论依据。

• 单位
  西南林业大学