柯萨奇病毒A组9型的基因分型方法的建立

作者：赵鹤鹤; 冀天娇; 杨倩; 肖金波; 祝双利; 王东艳; 王建醒; 陈建华; 路环环; 韩振志; 张勇; 许文波; 严冬梅^*

来源：病毒学报, 2022, 38(02): 264-270.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004100

• 柯萨奇病毒A组9型(CVA9)
• 基因分型
• 分子进化

血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒（Enterovirus,EV）分子进化特征研究的重要内容。目前为止，国内外对柯萨奇病毒A组9型（Coxsackievirus A9,CVA9）的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析，而基于全长VP1序列的基因型划分结果尚未明确。本研究依托国家手足口病监测网络，对2010-2019年全国31个省级行政区（省、自治区、直辖市）上送的18 238份手足口病样本中分离出的24株CVA9进行全长VP1区序列测定，并与GenBank中所有全长VP1区序列一起进行基因型划分研究。测序结果显示24株CVA9分离株VP1全长为906bp，编码302个氨基酸，与CVA9原型株（Griggs）核苷酸和氨基酸相似性分别为80.5%～97.6%和92.3%～99.6%。结合系统进化树和同一血清型内不同基因型的核苷酸差异界值为15%～25%，将全球CVA9划分为A-H八个基因型。进化树显示B、C和D基因型在病毒进化过程中已消失，而E、F和G基因型呈现共循环的趋势，其中G基因型包含了亚洲、北美洲、大洋洲和欧洲等9个国家的毒株，是CVA9的优势基因型。大部分中国株属于G基因型，与世界流行趋势一致。但在2018年新疆一例手足口病患儿体内分离到的CVA9毒株却与俄罗斯有很近的亲缘关系，被划分为F基因型，推测该毒株为俄罗斯输入株。CVA9虽具有明显的地理聚性，但G基因型中包含的多国家和多时间段的毒株也提示CVA9病毒可能存在远距离的传播和流行。

• 单位
  甘肃省疾病预防控制中心; 中国科学院; 山东省疾病预防控制中心; 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所