上海市2011—2017年风疹病毒基因特征分析

作者：杨玉颖; 王静; 唐伟; 朱贞; 李云逸; 王嘉瑜; 李崇山^*; 刘畅^*

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2018, 32(06): 588-594.

DOI：10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2018.06.006

• 风疹病毒
• 2B基因型
• 1E基因型

目的分析2011—2017年上海市风疹病毒(rubella virus, RV)野毒流行株的分子流行病学特征。方法选择2011—2017年上海市报告疑似麻疹/风疹病例中经实验室诊断排除麻疹, 确定为风疹病例所对应的咽拭子标本进行RV分离, 用一步法逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction, RT-PCR)扩增病毒E1基因, 扩增产物进行核苷酸序列测定, 并进行分子流行病学分析。结果 684份咽拭子标本共分离到395株RV, 获得其中377株RV的739个核苷酸(nucleotide, nt)(nt8731～9469)序列。序列同源性分析表明, 377株RV分离株分别属于两个不同的基因型, 109株为1E基因型, 与来自中国的参考株(RVi/Shandong.CHN/0.02/)亲缘性关系更近, 其他分离株均为2B基因型, 5株分离株在2B基因型中成一个独立小分支。377株RV分离株大部分的核苷酸突变为无义突变, 氨基酸(amino acid, aa)序列高度保守, 除1株外所有1E基因型RV分离株在E1蛋白aa338位点发生相同突变(亮氨酸→苯丙氨酸), 而2B基因型分离株以及其他基因型WHO参考株在该位点均未发生改变。结论 2011—2017年上海市存在两种不同基因型RV流行, 其中2011—2013年1E基因型为优势基因型。继2011年首次监测到2B基因型RV后, 便持续存在流行, 并自2014年起成为上海市的优势基因型。

• 单位
  上海交通大学; 上海市疾病预防控制中心; 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所