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摘要
目的:分析不同血清型腺相关病毒衣壳蛋白(VP1)氨基酸残基序列，建立相似性比较方法和数据库，预测VP1氨基酸残基序列突变后可能隶属的血清型。方法:对不同血清型腺相关病毒VP1氨基酸残基序列分析，找出共同序列，并对序列进行对齐。分别对疏水氨基酸残基、亲水氨基酸残基和酸/碱氨基酸残基进行单独赋值，赋值参数包括侧链长度、基团数量和解离/结合强度等，再用相关系数法和差值法计算相似度。规定全局电荷决定界值，判断电荷的变化是否会引起蛋白质周围电场的显著变化。最后综合考虑四者的关系，给出与已知血清型VP1氨基酸残基序相似度。通过其他已知血清型的VP1氨基酸残基序进行验证。结果:基本上可以区分不同的血清型，并且对相同血清型中的不同亚型具有一定的容忍度。结论:对腺相关病毒衣壳蛋白VP1氨基酸残基序列与其血清型间的联系进行了探讨，希望对重组腺相关病毒为载体的基因治疗研发提供支持。
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单位沈阳药科大学; 中国食品药品检定研究院
