冬凌草全基因组survey分析

作者：杨灏; 练从龙; 赵乐; 郭凯华; 杨晶凡; 张丽萍; 王利丽; 陈随清^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-8.

• 冬凌草
• 基因组大小
• 基因测序
• 基因组survey分析

冬凌草是针对食管癌有明显疗效的民间用药，其物质基础明确，冬凌草甲素为主要活性物质，目前针对冬凌草甲素的生物合成开展大量的工作，但是主要集中在上游合成途径的关键酶基因挖掘，下游骨架修饰酶基因挖掘到的十分有限，其中冬凌草全基因未完整解析是阻碍冬凌草甲素最终实现生物合成生产的重要原因之一，而目前冬凌草全基因组未见研究报道，为了避免盲目性，在全面深度测序之前采用高通量测序(DNBSEQ-T7)技术，基于K-mer分析方法来研究冬凌草基因组的大小、杂合率等基因组信息，便于确定全基因组深度测序的研究策略。研究结果表明：(1)冬凌草基因组大小约403 Mb；(2)预估该物种为2倍体，基因组的GC含量约36.69%，杂合率约1.37%，重复序列含量约50.28%；(3)NT文库比对发现同属植物香茶菜与冬凌草相似度最高为冬凌草的近缘物种；(4)基因组分析推荐三代测序PacBio平台进行CCS (HiFi)测50X数据，有利于冬凌草基因组的序列拼接和组装。本研究结果对于进一步绘制冬凌草全基因组图谱具有重要意义，为揭示冬凌草甲素生物合成途径解析、研究其遗传机制、品种选育提供科学依据。

• 单位
  河南中医药大学