基于二代测序的不同分化阶段晶状体转录组分析

作者：张丽芳; 秦祯蔚; 卢冰; 吕丹旎; 李嘉永; 闫晨曦; 宋帆; 唐俏梅; 尹厚发; 傅秋黎^*

来源：中华眼科杂志, 2020, 56(05): 356-363.

DOI：10.3760/cma.j.cn112142-20200222-00095

• 晶体
• 高通量核苷酸序列分析
• RNA, 信使
• RNA, 长链非编码
• RNA, 环状
• 基因表达谱

目的了解分化中晶状体的转录谱, 包括mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)。方法实验研究。提取人源性分化晶状体RNA并纯化。然后使用Illumina HiSeq 2500对16、23、25周晶状体总RNA样本进行测序, 并使用生物信息学工具进行分析, 筛选出最高表达和差异表达的mRNA和lncRNA;用维恩图分析3个时期晶状体的重叠基因表达情况;分析晶状体特异性基因的表达趋势, 并用实时荧光定量PCR验证。结果在16、23、25周晶状体中分别获得67 518 311、99 440 160和67 262 320条映射序列。基因重叠表达分析显示, 前1 000个高表达mRNA、前300个高表达lncRNA和前100个高表达circRNA中分别有740、170、69个在16、23、25周晶状体中同时表达。晶状体特异性基因表达分析显示, 晶状体蛋白(CRY)AA、CRYGA、CRYGB、CRYGC、CRYGD、CRYGEP和CRYGS基因表达随晶状体分化时间上调, 缝隙连接(GJ)蛋白GJA3和GJA8基因表达随晶状体分化时间下调。结论晶状体转录组表达谱显示不同分化阶段晶状体的高表达mRNA、lncRNA和circRNA中重叠表达者占半数以上, 且均高表达晶状体特异性蛋白基因, 如CRY、GJ蛋白基因等。(中华眼科杂志, 2020, 56:356-363)

• 单位
  浙江大学医学院附属第二医院