“双轨制”政府会计改革的实施,给高校财务管理带来极大的挑战和影响,为了更好地实施新政府会计制度,顺应新政府会计制度带来的变化,高校需要及时调整和改进财务管理模式。地方农业高校,受行业影响,资金的自筹能力较弱,资金来源主要依赖于财政拨款,资金的供需矛盾更为突出,因此结合地方农业高校的现状,以J农业大学为例,对实施改革过程中遇到的问题和应对策略进行了探究,希望对地方农业高校顺利实施“双规制”政府会计改革提供有力支撑。