“宁芯2号”大黄鱼基因组育种芯片的开发及验证

作者：周涛; 陈葆华; 柯巧珍; 赵吉; 王家迎; 白玉麟; 濮菲; 潘滢; 陈佳; 郑炜强; 徐鹏^*

来源：中国水产科学, 2022, 29(01): 41-48.

• 大黄鱼
• 育种
• 芯片
• 单核苷酸多态性
• 基因型

为了开发适用于我国大黄鱼(Larimichthys crocea)育种的稳定的育种芯片,本研究在大黄鱼600K高通量单核苷酸多态性(SNP)分型芯片"宁芯1号"的基础上,开发了大黄鱼55 K育种芯片"宁芯2号"。"宁芯2号"选取大黄鱼单倍域(haplotype block)内具有代表性的SNP位点,并集成与大黄鱼刺激隐核虫抗性、耐高温性状相关联的SNP位点。开发完成的"宁芯2号"最终集成了54077个高质量的SNP位点,这些位点在大黄鱼基因组内分布均匀。应用"宁芯2号"对来自6个群体的756尾大黄鱼进行测试,结果表明该芯片的分型成功率均在98.4%以上,多态性位点比例均在91.2%以上。"宁芯2号"具有稳定、准确、快速、价廉的优势,预计能够在大黄鱼品种定向遗传改良和全基因组分子模块育种研究工作中发挥重要作用。

• 单位
  厦门大学; 宁德市富发水产有限公司