一种具有益生活性的酰化矢车菊素-3-O-葡萄糖苷的制备方法,包括以下处理步骤:(1)原料预处理;(2)加湿与细粉碎;(3)制备花色苷浸提液;(4)离心;(5)超滤、(6)纳滤、(7)树脂纯化、(8)制备黑米花色苷、(9)酶法酰基化和(10)对益生菌的增殖作用。本发明制得的酰基化黑米花色苷,益生活性得到提高;利用制备型液相色谱分离纯化花色苷修饰产物,得到矢车菊素-3-O-癸酰葡萄糖苷,纯度≥95%,可作为花色苷理论研究的材料。