西瓜NAS基因家族的全基因组鉴定与生物信息学分析

作者：赵展

来源：农业与技术, 2023, 43(19): 20-25.

DOI：10.19754/j.nyyjs.20231015005

• 西瓜
• NAS基因家族
• 全基因组鉴定
• 生物信息学
• 分析

为了探究西瓜NAS基因家族的生物学功能，基于西瓜全基因组组装注释数据，利用HMMER、MEGA、TBtools等工具对西瓜NAS家族进行生物信息学的鉴定和分析，包括染色体定位、蛋白质结构、蛋白保守基序、系统进化树、启动子顺式作用元件和共线性分析。结果表明：在西瓜全基因组中共鉴定出4个ClaNAS基因，分布于2号染色体、3号染色体、6号染色体上；编码的氨基酸数量变化范围为277～356aa、分子量为30.68～39.88kDa、等电点为4.71～7.46;4个claNAS成员编码蛋白质的二级结构组成一致，三级结构差异明显；拟南芥、水稻、甜瓜、番茄和西瓜5个物种的NAS基因家族被分为3个亚族，其中葫芦科植物被单独聚为一类；西瓜NAS基因家族的启动子区含有激素应答、光响应、胁迫应答、转录因子结合位点等多种顺式作用元件；西瓜基因组内未发现NAS基因的串联重复和片段复制，但西瓜NAS基因与拟南芥、番茄的NAS基因间分别存在2个共线性基因对。西瓜NAS基因家族的全基因组鉴定与生物信息学分析为进一步研究西瓜NAS基因的功能和分子机制提供了依据。

• 单位
  开封大学