基于转录组测序与定量PCR技术挖掘北沙柳株型相关候选基因

作者：贺嵘; 赵恺; 贺玉娇; 阿拉腾苏和; 王爱君; 宁静; 韩若霜; 孙贵荣; 张国盛^*

来源：浙江农业学报, 2023, 35(10): 2332-2345.

• 冠高比
• 相关系数
• 转录组测序技术
• 定量PCR技术
• 基因挖掘
• 北沙柳

为构建北沙柳株型分子辅助育种体系实现高效定向育种，采用水培群体转录组测序与野外训练群体定量PCR分析相结合的方法，以RNA-Seq分析中的基因表达量(FPKM值)与冠高比(株型特征值)的相关系数作为预测值，探讨北沙柳株型相关候选基因挖掘技术。结果表明，北沙柳冠高比与FPKM值间存在相关性，在水培预测群体和野外训练群体中保持基本一致的趋势。文献中已报道的株型(或者分枝)相关基因(TAC2、LAZY1b、ZFP4、TB1、SPA2、ABF2和PYL1)的预测值在0～0.6,ATX1、RFK1和FHY1基因(未报道与株型相关)的预测值较高(0.6～1.0),按照“基因个数最少，相关系数最高”的原则，选择双基因组合ATX1+FHY1作为鉴别北沙柳株形的基因。将形态学、转录组学作为一个整体来挖掘株型性状相关基因是本研究特色，研究结果也可为其他植物、其他性状的分子辅助育种提供理论基础。

• 单位
  内蒙古林业科学研究院; 内蒙古农业大学