基于生物信息学的慢性胃炎-胃癌“炎癌转变”关键基因与通路研究

作者：杨良俊; 胡志鹏; 李嘉丽; 樊湘珍; 何维; 潘华峰^*

来源：中华中医药学刊, 2020, 38(08): 147-276.

DOI：10.13193/j.issn.1673-7717.2020.08.036

• 生物信息学
• 胃癌
• 慢性胃炎
• 胃癌前病变
• 基因
• 通路

目的使用生物信息学方法,从分子水平揭示慢性胃炎-胃癌"炎癌转变"关键基因与通路,以揭示胃癌的发病机制。方法从GEO数据库中下载GSE55696基因芯片数据,利用R语言Limma包筛选出慢性胃炎→异型增生→胃癌间共同表达的差异基因,进行GO和KEGG通路富集,并构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,以明确其关键基因。结果慢性胃炎-胃癌过程的共同差异基因有57个,均为上调基因。GO和KEGG分析显示,差异表达基因分别富集于16条生物过程条目和4条信号通路。PPI网络模块鉴定出8个关键蛋白,分别为IL8、FPR1、FCGR3A、S100A8、S100A9、CXCR2、MMP9、CCL3。结论本研究所鉴定的差异表达基因和通路可促进对慢性胃炎-胃癌"炎癌转变"机制的理解,并且可能成为胃癌诊断和预防的分子生物标记物,并为中医药改善慢性胃炎,阻断"炎癌转变"提供新的思路。

• 单位
  浙江省立同德医院; 广州中医药大学; 成都中医药大学附属医院