高通量二代测序技术在病毒性肝癌HBV-DNA与宿主基因整合位点研究中的应用

作者：麦庆锋; 张润玲; 曾君; 吴梓坤; 程欢; 吴英松; 吴意

来源：热带医学杂志, 2022, 22(02): 154-159+183.

DOI：10.3969/j.issn.1672-3619.2022.02.003

• 高通量
• 二代测序技术
• 乙型肝炎病毒
• 肝癌
• 基因整合位点

目的 运用高通量二代测序技术（NGS）捕获病毒性肝癌组织中乙型肝炎病毒（HBV）DNA与宿主基因整合位点，为临床疾病诊断治疗提供可靠的依据。方法 采用高通量二代测序技术对5例原发性病毒性肝癌组织DNA进行全基因组测序，使用Burrows-Wheeler Aligner(BWA)和Picard-tools生物信息学软件，采用BWA-MEM比对方法进行数据处理和分析，从宿主基因组DNA序列中筛选出HBV基因的整合位点。结果 5个样品共发现3 513 454个单核苷酸多态性（SNP）、838 846个插入缺失标记（InDel）、平均1 965个结构变异（SV）和3 639个拷贝数变异（CNV），其中SNP 99.48%出现在dbSNP数据库里，95.26%在千人基因组计划的数据库中，新发现的SNP有17 768个；InDel 93.80%出现在dbSNP数据库里，54.23%在千人基因组计划的数据库中，新发现的InDel有51 307个；SV平均包括0个插入变异、690个缺失变异、257个倒位变异、762个染色体内易位变异和255个染色体间易位变异。结论 HBV-DNA与宿主基因整合位点具有随机性，且插入的核苷酸片断大小不一，导致宿主肝细胞基因组发生突变、缺失和插入等结构变异而产生致癌作用。

• 单位
  中国科学院大学深圳医院（光明）; 南方医科大学; 深圳市第七人民医院