陆地棉SSR标记遗传多样性及其与农艺性状的关联分析

作者：郭志军; 赵云雷; 陈伟; 李运海; 王红梅; 龚海燕; 桑晓慧

来源：棉花学报, 2014, 26(05): 420-430.

• 陆地棉
• 关联分析
• SSR
• 遗传多样性
• 群体结构

分析陆地棉栽培种遗传多样性,通过关联分析寻找与棉花农艺性状相关联的分子标记,为分子标记辅助选择育种和提高棉花育种效率奠定基础。本文采用74个Simple sequence repeat(SSR)标记对172份陆地棉栽培种的基因组变异进行扫描,使用NTSYS-pc 2.20进行聚类,分析该群体遗传多样性;利用Structure 2.3.4软件分析群体结构,在此基础上结合田间表型数据,采用Tassel 2.1的一般线性模型(General linear model,GLM)进行关联分析,定位与农艺性状相关的QTLs。74个标记共检测到148个多态性位点,涉及246个等位变异,变异范围27个,平均等位变异数为3.32;引物的多态性信息含量(PIC)为0.02810.3733,平均值为0.2370;遗传相似系数变异在0.28161,平均值为0.5369,平均遗传相似系数为0.5369,表明我国陆地棉遗传基础狭窄,尽管国外及西北内陆棉区部分材料具有较丰富的遗传变异。聚类分析将该群体划分为12个亚群,不同棉区的材料交叉分布,且聚类结果基本与系谱吻合。群体结构分析却将172份供试材料划分为3个亚群;通过关联分析,发现30个位点与铃重、衣分、黄萎病抗性显著相关(P<0.05),各位点对表型变异贡献率为2.24%5.27%。

• 单位
  棉花生物学国家重点实验室; 中国农业科学院棉花研究所