基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性

作者：苏佳; 何锴; 连春盎; 张雪; 余珂

来源：北京大学学报(自然科学版), 2022, 58(02): 326-336.

DOI：10.13209/j.0479-8023.2022.002

• 野生小型哺乳动物
• 肠道菌群
• 16S rRNA基因扩增子测序
• 宿主饮食

以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属Firmicutes (40.55%),Proteobacteria (34.60%)和Bacteroidetes (13.67%)。Firmicutes和Bacteroidetes是鼠科的优势菌门,Proteobacteria是猬科和鼩鼱科的优势菌门。多样性分析表明,鼠科、猬科与鼩鼱科的肠道微生物多样性及群落结构具有显著性差异;LEfSe分析表明,鼠科中存在更多与复杂碳水化合物发酵相关的细菌,猬科和鼩鼱科中含较多氨基酸发酵菌;益生菌(如Lactobacillus和Lactococcus等)共存于这3类野生小型哺乳类动物中,起调控宿主健康的作用。研究结果揭示,宿主食性与进化关系影响着野生小型哺乳动物肠道菌群结构,而肠道菌群可能在多种方面对宿主起益生作用。

• 单位
  基础医学院; 南方医科大学; 北京大学深圳研究生院