基于虚拟筛选方法从化合物数据库中筛选SARS-COV-2的2’-O-甲基转移酶抑制剂

作者：储晓慧; 宋昱; 温泽宇; 王晓雨; 于宗霞^*

来源：化学研究与应用, 2022, 34(05): 1016-1024.

• SARS-CoV-2
• 2’-O-甲基转移酶
• 药效团
• 分子动力学
• 虚拟筛选

由SARS-CoV-2病毒引起的新型冠状病毒肺炎COVID-19对世界各国的日常生活和卫生保健系统造成了前所未有的冲击，治疗该疾病的特效药仍在紧张的研制中。2’-O-甲基转移酶(nsp16)催化了SARS-COV-2的RNA“加帽”反应，是维持该病毒RNA稳定性的重要步骤，因此通过筛选nsp16的抑制剂，干扰SARS-COV-2的稳定性，具有一定的药物开发价值。Sinefungin是一种泛甲基转移酶抑制剂，对nsp16具有较好的抑制效果，被用作本文抑制剂筛选的阳性对照。首先依据RMSD值对分子动力学模拟过程中产生的nsp16-Sinefungin结合构象进行聚类分析，构建并优化药效团模型，该模型包含芳香特征R15、氢键供体特征D9、正电特征P14和负电特征N13各一个。随后利用该药效团模型进行小分子数据库筛选、分子对接、MM-GBSA结合自由能计算、分子动力学模拟，并对筛选得到的化合物进行成药性评价，最终得到C1(CAS:1224032-33-0)、C2(CAS:1224020-56-7)、C3(CAS:1224031-61-1)和C7(CAS:1224035-30-6)四个化合物。结果表明四个化合物均可稳定结合于nsp16活性口袋。

• 单位
  大连大学