为提高三大城市群环境基础设施的运营水平,维护三大城市群的生态平衡,促进可持续发展,采用三阶段DEA的方法,剔除环境变量与随机误差的影响,得到京津冀城市群、长江三角洲城市群和珠江三角洲城市群的环境基础设施运营效率。结果表明,环境基础设施的区域发展差异明显,珠江三角洲城市群的运营效率最高,长江三角洲城市群次之,京津冀城市群最差;城市群内部纯技术效率发展不平衡;制约环境基础设施运营效率的主要原因是规模效率较低。