hsa-miR-21的生物信息学特征分析

作者：黄海进; 徐广峰; 焦峰

来源：东南大学学报(医学版), 2013, (01): 60-64.

• hsa-miR-21
• 微小RNA
• 生物信息学

目的:观察人消化道肿瘤细胞株hsa-miR-21表达水平,通过生物信息学预测hsa-miR-21的靶基因,进一步分析其潜在功能,为其后续功能研究提供依据。方法:应用实时荧光定量PCR技术检测人胃癌细胞株AGS、人胆管癌细胞株QBC939、人食管鳞状细胞癌细胞株ECA109以及正常人食管上皮细胞株Het-1A中hsa-miR-21表达水平;应用pubmed检索hsa-miR-21已知相关文献;应用miRbase和NCBI数据库分析hsa-miR-21序列保守性和所在基因组特征;应用TargetScan、PicTar及miRanda预测hsa-miR-21的靶基因,并对其进行功能富集分析和信号转导通路富集分析。结果:(1)AGS、QBC939细胞株中hsa-miR-21表达水平显著上调,明显高于Het-1A细胞;(2)已有研究证实hsa-miR-21与多种肿瘤相关;(3)miR-21在多个物种间具有序列保守性;(4)Hsa-miR-21靶基因主要参与转录调控、信号转导和Notch信号通路的正向调控等生物学过程,涉及Notch、细胞周期和轴突导向等信号转导通路。结论:hsa-miR-21可能通过调控多个信号通路参与消化道肿瘤的发病机制。