透明草金鱼的皮肤转录组分析

作者：刘肖莲; 李春艳; 白晓慧; 郝爽; 刘国山; 刘克明; 马林; 姜巨峰^*

来源：水产科学, 2022, 41(01): 110-115.

DOI：10.16378/j.cnki.1003-1111.20185

• 草金鱼
• 透明性状
• 转录组测序
• 差异表达基因

采用Illumina HiSeq技术对体长(45.00±5.42) mm的透明草金鱼和不透明草金鱼皮肤组织透明性状相关基因进行转录组测序。6个组织共产生309 364 078条过滤序列,组装后获得72 083个unigene,平均长度为1321 bp。DESeq分析共筛选出181个差异表达基因(DEGs),其中上调基因66个、下调基因115个。GO功能注释发现,差异表达基因主要与微管、肌球蛋白复合物、蛋白质绑定、肌动蛋白结合、鸟嘌呤核苷酸结合、色素沉着、色素颗粒运输、中间纤维等相关。KEGG通路富集分析显示,差异基因富集在MAPK信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节通路、嘌呤代谢通路、内质网的蛋白质加工通路等。此外,从72 083个unigene中查找出38 775个微卫星位点,出现频率最高的为单碱基重复(53.95%)和二碱基重复(24.45%)。本试验结果将为草金鱼透明性状相关基因的挖掘与功能研究提供基础信息。

• 单位
  天津市水产研究所