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摘要
生物序列分析由于其数据的海量性、分析算法的多样性和复杂性,因此其对运算平台以及软件工具有着很高的要求。在生物序列分析领域中,文中针对序列比对所采用的经典算法即Smith-Waterman算法在FPGA加速平台下的性能进行研究,利用开放运算语言OpenCL进行异构平台的硬件加速设计。通过利用Smith-Waterman算法的波前特性,在硬件设计层面上实现算法在运算过程中的高度并行化,弥补了在CPU单一平台下只能进行串行运算的不足。通过对大量不同样本序列的测试表明,利用算法的波前特性,针对短序列比对,FPGA的运算速度最高能达到CPU的4倍。
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