香合欢全基因组Survey分析

作者：欧汉彪; 韦铄星; 王智慧; 高风

来源：分子植物育种, 2022, 1-18.

• 基因组大小
• 香合欢
• 杂合率
• GC含量

香合欢(Albizia odoratissima)是南方优良的乡土用材树种，其生长迅速，木材利用价值高，具有广阔的推广前景。目前，香合欢全基因组未见研究报道，为了避免盲目性，在全面深度测序之前采用高通量测序 (Illumina Hiseq?2000)技术，基于K-mer分析方法来研究香合欢基因组的大小、杂合率等基因组信息，便于确定全基因组深度测序的研究策略。研究结果表明：(1)香合欢基因组长度约729.45 Mb；(2)预估该物种为2倍体，基因组的GC含量约34.39%，杂合率约1.86%，重复序列含量约45.87%；(3) NT文库比对发现Acacia ligulata和大豆为香合欢的近缘物种；(4)基因组分析推荐测120×的三代数据，构建350 bp小文库，测50×的Illumina数据，有利于香合欢基因组的序列拼接和组装。本研究结果对于揭示香合欢速生性、抗旱性、心材形成、发育及抗病虫的分子机制具有重要意义，为进一步绘制香合欢全基因组图谱，研究其遗传机制和品种选育提供科学依据。

• 单位
  中南林业科技大学; 广西壮族自治区林业科学研究院