基于高通量测序的鼠类肠道细菌群落多样性分析

作者：杨国平; 叶敏霞; 张荣; 吴海磊; 罗岚; 郭晔; 朱军; 孙立新^*

来源：中华卫生杀虫药械, 2021, 27(02): 148-153.

DOI：10.19821/j.1671-2781.2021.02.016

• 鼠类
• 肠道细菌
• 16S rRNA
• 高通量测序
• 物种多样性

目的探明鼠类肠道细菌群落组成和多样性。方法分离鼠类完整肠道并提取总DNA,利用Oxford Nanopore Technologies公司(MK1C)的纳米孔单分子测序技术对其肠道细菌16S rRNA的全区序列进行测序,统计肠道细菌的操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)数量,分析其物种组成、丰度及Alpha、Beta多样性。结果获得鼠类肠道细菌16S rRNA优质序列1 161 377条,根据序列相似性进行聚类分析获得1 484个OTUs。共注释到24个门,48个纲,113个目,241个科和534个属;在门分类水平上,以厚壁菌门Firmicutes和变形菌门Proteobacteria为优势门类;在属分类水平上,优势属为肠球菌Enterococcus、乳酸杆菌Lactobacillus和葡萄球菌Staphylococcus,其丰度分别为38.7%,17.65%和7.48%。Alpha多样性分析结果显示,鼠类肠道细菌的观测物种数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数分别为1 484、1825.77、3.91和0.058。Beta多样性分析结果显示臭鼬和小家鼠肠道菌群组成最接近,而黄胸鼠和小家鼠肠道菌群组成相差最大。结论鼠类肠道细菌菌群整体多样性比较丰富,可为有效评估鼠传疾病传播风险提供依据。

• 单位
  江苏省检验检疫科学技术研究院; 江苏国际旅行卫生保健中心; 江苏省中西医结合医院