针对磁轴承转子系统在运行时因转子质量不平衡导致的同频扰动问题,提出了将反推控制算法和扰动观测器相结合形成一个复合控制器的控制策略。对磁轴承转子系统中的同频信号进行观测,并在输入信号中对同频扰动信号进行抑制。建立了转子动力学模型,设计了反推控制器和扰动观测器,通过MATLAB仿真,结果表明:该复合控制器比反推控制器对扰动信号的抑制能力更强,抑制效果更好,且复合控制器对转子从零转速上升到额定转速再下降到零转速的全过程均具有较好的扰动抑制能力,提升了系统的抗干扰性。