基于TCGA数据库构建前列腺癌相关miRNA预后模型

作者：张泉波; 李玉莲; 陈绮; 张艳艳; 陈国荣^*

来源：浙江医学, 2021, 43(18): 1971-2050.

• 前列腺癌
• 生物信息学
• 预后
• miRNA

目的利用癌症基因组图谱数据库(TCGA)中前列腺癌患者的miRNA和m RNA数据及临床信息,构建由miRNA组成的预后风险评分模型,为后续研究提供理论基础。方法从TCGA数据库中下载有关前列腺癌的相关miRNA和m RNA数据,利用R语言进行生存预后分析及临床病理特征分析。利用Target Scan、miRDB和miRanda来预测差异表达miRNA潜在靶基因,并通过基因功能富集分析揭示前列腺癌中有效分子学机制。结果 miR-19a-3p、miR-144-3p、miR-223-5p和miR-483-3p这4种miRNA与前列腺癌患者总生存期密切相关。临床病理特征分析发现miR-483-3p表达量与T分期有关,miR-19a-3p表达量与患者年龄有关,miR-223-5p表达量与Gleason评分有关。功能富集分析显示,这4种miRNA的差异表达基因可能参与叉头转录因子和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路。通过筛选共得出33个潜在靶基因。Kaplan-Meier生存分析显示,前列腺癌患者心肌肌动蛋白α1(ACTC1)、CD177、丝切蛋白2(CFL2)、肌蛋白修饰调节因子2(MBNL2)、含钯蛋白(PALLD)、磷酸二酯酶5A(PDE5A)、联丝蛋白(SYNM)或突触极蛋白2(SYNPO2)高表达组患者无病生存期均长于低表达组患者(均P<0.05)。结论 miR-19a-3p、miR-144-3p、miR-223-5p和miR-483-3p等miRNA与前列腺癌预后有关,其潜在的靶基因ACTC1、CD177、CFL2、MBNL2、PALLD、PDE5A、SYNM、SYNPO2可用于评估前列腺癌患者的预后情况。

• 单位
  温州医科大学附属第一医院