基于叶绿体DNA分析的楸子种质遗传多样性研究

作者：高源; 王大江; 王昆^*; 丛佩华^*; 张彩霞; 李连文; 朴继成

来源：园艺学报, 2020, 47(05): 853-863.

DOI：10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0609

• 楸子
• 叶绿体DNA
• 单倍型
• 遗传多样性

利用4对叶绿体DNA引物扩增49份楸子[Malusprunifolia(Willd.)Borkh.]种质资源的4个叶绿体DNA基因间区trnH-psbA、trnS-trnG spacer+intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF序列,基于4个叶绿体DNA基因间区的序列变异,从母系遗传的角度评价楸子的遗传多样性水平。结果显示:4个叶绿体DNA基因间区序列经测序、拼接、比对和合并之后的片段长度为3 790 bp,共有173个多态性变异位点,其中包含2个单一突变位点、20个简约信息位点和151个插入/缺失位点。在49份楸子种质中,trnH-psbA、trnS-trnGspacer+intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF区域的变异位点的数量分别为26个、25个、120个和2个,单倍型数量分别为9个、7个、8个和3个,合并之后的叶绿体DNA片段的单倍型有14个。核苷酸多样性和单倍型多样性最高的区域均为trnH-psbA(Hd=0.775,Pi=0.02143),最低的为5′trnL-trnF(Hd=0.481,Pi=0.00072)。49份楸子种质4个叶绿体DNA区域合并后的遗传多样性较高(Hd=0.854,Pi=0.00949)。Tajima’s D检验中,4个叶绿体DNA区域在P> 0.10水平上均不显著,楸子的4个叶绿体DNA区域在进化上遵循中性进化模型。楸子的遗传变异主要存在于群体内部,不同居群间基因交流频繁,多数居群间遗传分化较少,与地理距离不完全相关。

• 单位
  中国农业科学院果树研究所; 农业部