《长江保护法》《长江水生生物保护管理规定》均规定要建立长江流域水生生物完整性指数评价体系，但该指标体系的法律地位尚不明确，需要挖掘水生生物完整性指数的法律属性。分析了水生生物完整性评估制度的法理性及面临的问题。从坚持差异化原则、发挥第三方主体专业性、构建统一的水生生物监测体系、纳入河长制考核体系四个方面，提出建立流域整体性系统性的长江生态环境评估制度。
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