基于高通量转录组测序的云南栘(木衣)微卫星位点特征分析

作者：彭劲谕; 朱泽莉; 李恩良; 王大玮^*; 唐红燕; 段安安

来源：分子植物育种, 2020, 18(16): 5419-5427.

DOI：10.13271/j.mpb.018.005419

• 云南栘(木衣)
• 转录组
• 高通量测序
• 微卫星
• 特征分析

利用Illumina NovaSeq 6000对云南栘(木衣)进行高通量转录组测序,使用MIcro SAtellite identification tool (MISA)分析转录组中SSR位点分布类型与特征。组装获得云南栘(木衣) 111 655条Unigene,并搜索检测到32 360个SSR位点,出现频率为28.98%,分布平均距离为3.76 kb。其中以二核苷酸所占比例最高(46.75%),其次是单核苷酸(34.70%)和三核苷酸(17.10%)。在单核苷酸的重复类型中,A/T重复基元占有较大比例(33.01%);二核苷酸各重复类型所占比例差距较大,分别为:AG/CT (39.76%)>AT/TA (3.71%)>AC/GT(3.20%)>CG/CG (0.09%);三核苷酸各重复类型及其所占比例依次为AAG/CTT (4.52%)、AGG/CCT (3.51%)、ACC/GGT (2.33%)、AGC/CTG (2.28%)和ATC/ATG (1.20%),而AAC/GTT、AAT/ATT、ACG/CGT、ACT/AGT、CCG/CGG基元所占比例较低。在云南栘(木衣)转录组中,由于云南栘(木衣) SSR具有高出现频率,高重复类型和高多态性,为其SSR开发和遗传多样性分析等研究提供科学的数据参考。

• 单位
  西南林业大学