基于GEO数据集筛选结肠癌相关枢纽基因及验证

作者：景磊; 胡晨曦; 张思瑾; 肖添源; 肖晓雪; 宋巍

来源：河南城建学院学报, 2023, 32(02): 125-132.

DOI：10.14140/j.cnki.hncjxb.2023.02.019

• 结肠癌
• GEO数据库
• 差异表达基因
• 生物信息学分析

从GEO芯片数据集中挖掘与正常结肠组织具有表达差异且与肿瘤病理特征相关的结肠癌关键基因。在GEO数据库中获取并处理GSE41258和GSE39582芯片数据集，筛选差异表达基因，利用DAVID、STRING等数据分析工具对差异表达基因进行KEGG分析、GO分析以及蛋白质相互作用(PPI)网络构建。利用Cytoscape 3.9.1软件与UALCAN数据库筛选枢纽(Hub)基因，并分析其与结肠癌临床病理的相关性。从两个GEO数据集中共筛选出108个差异表达基因，其中上调基因36个、下调基因72个。KEGG分析和GO分析显示差异表达基因主要富集于类固醇激素生物合成、视黄醇代谢、胆汁分泌、IL-17信号通路、PPAR信号通路并参与细胞葡萄糖醛酸化、类固醇代谢、胶原分解代谢、视黄醇代谢等生物过程。最终筛选出排名前五的Hub基因，分别是SPP1、COL1A1、CXCL8、MMP1和FABP1,其中SPP1和COL1A1表达与结肠癌肿瘤分期呈正相关，FABP1、MMP1和CXCL8在结肠癌早期就表现出显著差异性。通过生物信息学分析发现，在5个结肠癌关键基因中，SPP1和COL1A1与结肠癌进展相关，FABP1、MMP1和CXCL8可成为潜在的结肠癌早期生物标志物。

• 单位
  河南城建学院