矩阵设计检测金针菇转化子外源DNA插入位点

作者：刘媛媛; 谢路昱; 李依宁; 马新斌; 杨环; 王朦; 谢宝贵^*

来源：菌物学报, 2020, 39(06): 983-992.

DOI：10.13346/j.mycosystema.200031

• 二代测序
• 矩阵
• 农杆菌介导转化

插入位点分析对于金针菇功能基因组学的研究极为重要,分析方法常用反向PCR、热不对称交错PCR、Tail-PCR、染色体步移等,存在操作复杂、消耗时间长、特异性较差、效率低等缺点。近年来开始应用基因组重测序的方法,对转化子逐一测序与分析,工作量较大、费用较高。本研究应用矩阵设计,把多个转化子的DNA混合构成样品池,重测序后分析插入位点,M个样品池的测序数据可分析M×(M+1)/2个转化子的插入位点。应用矩阵设计构建6个样品池检测21个转化子,获得21个插入位点,表明这种方法可行、适合大样本分析,如突变体库。

• 单位
  福建农林大学